2007年11月，華潤集團受國務院國資委委托，為“打造央企醫藥平臺”，開始重組三九集團。重組之初，三九集團業務龐雜、債臺高筑，2003年共欠銀行貸款余額98億元，陷入巨額財務危機；旗下上市公司——三九醫藥股份有限公司因大股東占用資金高達37億余元，一直被證監會列入“問題公司”，成為最后35家未股改公司之一。
經過兩年多的重組，華潤集團成功剝離三九集團大部分非主營業務，實現醫藥主營業務的重組，保護了三九品牌，完成了三九醫藥股份有限公司的清欠和股改，支持完善了法人治理結構。目前，三九醫藥股份有限公司已更名華潤三九醫藥股份有限公司，由一家“問題公司”脫胎換骨成為中國最具競爭力的醫藥上市公司之一。
三九集團成立于1991年12月，前身為總后勤部所屬南方制藥廠，直屬于國務院國資委的大型企業。三九集團以醫藥為主營業務，還涉及工程、房地產、汽車、食品、酒店、旅游、文化傳媒等領域，有企業400余家。由于三九集團利用短期負債做長期投資，且投資領域分散，投資效率低下，導致大量金融負債，再加上管理不善，2003年中爆發了債務危機。2004年，國務院國資委對三九集團實行債務重組；2007年3月，國務院國資委決定由華潤集團對三九集團實施托管；2007年11月，國務院國資委宣布華潤集團全面重組三九集團。
華潤重組三九時，三九已面臨嚴重的債務危機。2007年決算報表顯示，歸屬于母公司的所有者權益總額為負52.9億元，銀行負債總額66.1億元。同時，三九還面臨企業巨額逾期貸款、盈利能力低下、巨額未決訴訟和對外擔保、潛在員工安置補償費用高、土地產權不明晰等諸多嚴重問題。華潤不畏困難，迎難而上，毅然決然肩負起重組三九的重任，實施了市場化的重組。
華潤重組三九集團的核心是明晰醫藥產業。但當時三九醫藥股份有限公司是被證監會重點監管的“問題企業”，必須首先解決大股東高達37億余元的資金占用，加快完成清欠和股改工作。華潤在第一時間尋求清欠解決方案，最終以債務抵銷加現金方式完成全部37億余元資金占用的償還。重組中，華潤以最大的誠意，采取每10股送３股并增加兩年業績承諾和延長鎖定期的方式完成了三九醫藥的股改。華潤還為三九引入6S管理體系；幫助其進行戰略梳理；清理房地產、食品、連鎖藥店等非主營業務；注入“999”品牌資產；支持其完成新工業園建設；收購安徽金蟾生物制藥；促使其回歸醫藥主業，構建品牌運作和渠道掌控能力的核心優勢。如今，華潤三九醫藥股份有限公司被評為中國上市公司“金牛百強”、“價值百強”，并已列入滬深300指數，深證100成份指數。2009年實現營業收入達48.53億元，三九重組是華潤集團發展歷程中的一段插曲。通過對華源和三九重組，華潤集團搭建了央企醫藥平臺，在大輸液、生殖健康、天然藥物、中成藥、保健品、醫療器械等領域已居于中國領先地位?！?99”和“東阿阿膠”等品牌被評為“中國500最具價值品牌”。
專題鏈接：中央企業第二任期考核優秀企業專題報道——華潤（集團）有限公司 中央企業第二任期考核優秀企業專題報道
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